这位皇帝看到欧洲的诸候们都赞成那些可以扩大自己权力和自己财富的宗教见解，便自封为古老的滥用权力的保护人，希望着一场宗教战争会给他以一场侵占他们的国家和摧毁他们独立性的机会。法兰西斯则想象着，烧死新教徒但保护他们在德国的领袖便可以保持教皇的友谊而又不致于失掉有用的盟友。
但这还不是他们唯一的动机；专制主义也有它的本能；而这种本能就唤醒了国王们：人们一旦使宗教的偏见受到理性的检查之后，马上就会把它伸展到政治的偏见上去；他们明白了教皇的篡权之后，终于也要弄明白国王们的篡权；而对王权是如此之有利的对于教会滥用权力的改革，就会导致对于王权所赖以建立的种种更为压迫人的滥用权力的改革。因而任何一个大国的国王都不曾自愿地垂青于改革派。亨利第八遭到了教皇革除教门的打击，却继续迫害改革派；爱德华和伊丽莎白若想要依附教皇权威，就不能不宣布自己是篡位者，所以在英国就建立了一套与之极为近似的信仰和崇拜。大不列颠的新教国君们每当天主教会不以王冠的谋篡者的罪名来威胁他们的时候，就总是偏袒天主教。
在瑞典、在丹麦，路德教义的确立在国王们的眼里，只不过是为了确保驱逐信奉天主教的暴君而由他们自己取而代之的一种必要的防范措施罢了；而且我们已经在那个由一位哲学家君主所建立的普鲁士君主国里，看到了他的继承者掩饰不住要秘密地倾向于那种对国王们是如此之可爱的宗教。
宗教的不宽容对所有的教派都是共同的，它也激发了所有的政府都不宽容。教皇派迫害所有的改革教派；而各个改革教派尽管彼此互相革除教门，却又联合一致反对反三位一体论者；反三位一体论者则更加一贯得多，他们要使所有的教条都同等地不说是接受理性的、至少也要接受一种讲道理的批判的检验，他们并不想要自己有义务摆脱某些荒谬，只为的是要保存其他具有同样反叛性质的那些荒谬。
这种不宽容也为教皇主义的事业而服务。长期以来在欧洲、特别是在意大利，就有这样一类人，他们摒绝一切迷信，对一切崇拜都漠不关心而仅只服从理性，他们把宗教看作是人类的发明；他们尽管可以秘密地嘲笑它，但是谨慎和策略却要求他们表现出尊敬。
后来，人们把勇气推进得更远了；当人们在学院里运用被误解了的亚里士多德哲学来使神学玄奥的技术完善化，并自然而然地使得只能是荒谬的东西显得十分之巧妙时，有些学者就力图根据自己的真正的学说来建立一种对一切宗教思想都具有毁灭性的体系；按照这种体系，人的灵魂不外是随着生命而一道消失的一种能力，按照这种体系，除了自然界的必然规律而外，他们不承认有任何其他的天意、任何其他的世界统治者。他们受到了柏拉图主义者的驳斥，柏拉图主义者的见解接近于后来人们所称为的自然神论，而那在教会的正统看来，只能是更可怕的东西。
对酷刑的恐惧，很快就扼止了这种放肆的坦率。意大利和法兰西沾染了争取思想自由的殉道者们的鲜血。所有的宗派、所有的政府。所有各种类型的权威，惟有在反对理性这一点上，表现出是一致的。理性必须用一幅幕馒遮掩起来，瞒过暴君们的眼光，让它自己只能被哲学家的眼光所看透。
于是人们就不得不把自己关进那种秘密学说的怯生生的根据地之中，那种秘密学说是从来也不曾中止过拥有大量的信徒的。它特别是在政府首脑中间以及在教会的首脑中间传播着；到了宗教改革的时期，这些宗教的马基雅维里主义的原则就变成了诸侯们、大臣们和主教们的唯一信仰。这些见解甚至于腐蚀了哲学。实际上，这样的一种体系又能期待有什么道德可言呢？——它那原则之一就是：人民的道德必须依恃虚假的见解，启蒙了的人就有权去欺骗人民，只要是他们能向人民提供有用的错误，并把人民拘禁在唯有他们自身懂得如何从其中解放出来的那些枷锁之中。
假如人类天赋的平等、他们权利的根本依据，乃是一切真正道德的基础的话；那么对一种公然以鄙视那种平等和那些权利为其准则之一的哲学，还能希望什么呢？毫无疑问，就是这种哲学也曾做到过有助于理性的进步，它曾默默地准备了理性的统治；但是，只要它是独自存在的，它就只能是以虚伪来代替狂热，并且就只能是败坏那些主宰国家命运的人们，哪怕是能把他们提高到超出偏见之上。
真正启蒙了的哲学家们与野心是格格不入的，他们把自己仅限于极端小心翼翼地来为人民解惑，而不允许自己把人民滞留在他们的错误之中；这些哲学家本来是会被引向拥护宗教改革的；然而由于发现到处都遇到同样的不宽容而大感失望，所以他们大多数人都不认为应该把自己卷入某种转变的困境之中，假如转变之后他们发现自己仍会受着同样的束缚。既然他们始终不得不装作是相信他们所摒弃的种种荒谬，所以他们就觉得，减少了一点点荒谬也并没有很大的好处；他们甚至于害怕由于自己背弃宗教会给自己加上一副心甘情愿的虚伪面貌；而他们继续依附于旧的宗教，却又以他们的名望而加强了旧宗教的权威。
鼓动了宗教改革家的那种精神，并没有导致真正的思想自由。每种宗教在它自己所统治的国度里，都仅只容许某些见解。然而由于这些不同的信仰之间是彼此相反的，所以很少有什么见解是不在欧洲的某些部分受人攻击或者为人拥护的。此外，各种新的宗教团体也被迫放松了一点教义的严格性。它们不可能把探讨的权利缩小在过分狭隘的界限之内而又没有重大的矛盾，因为它们就是根据那种同样的权利而确定自己分离出去的合法性的。如果它们拒绝给予理性以其全部的自由的话，它们却同意使它那座监狱不再那么狭隘了：枷锁并没有被打碎，但是它却没有那么沉重了而是更放松了。终于，在某种宗教已不可能压制所有其他宗教的那些国度里，就确立了统治教派的高做所敢于称之为宽容的那种东西，也就是说，某些人允许别人去相信他们的理性所接受的东西，去做他们的良心所吩咐他们要做的事，并对他们共同的上帝去做他们认为是最能使上帝高兴的礼拜。到了这时，人们才能够以或多或少是完全的坦率来拥护各种已获得了宽容的学说。